Das Kinderhaus "Villa Nees" besteht seit 1994. Es wurde aus dem Wunsch heraus eingerichtet, eine bessere Kinderbetreuung für das Personal der Universitätsmedizin Mainz zu gewährleisten. Auf Anregung des damaligen Wissenschaftsministers Prof. Dr. E. Jürgen Zöllner haben die "Freunde" seinerzeit die Trägerschaft für das Kinderhaus übernommen.
Zum 01.01.2022 ist die Trägerschaft der Villa Nees auf die Universitätsmedizin Mainz übertragen worden. Durch die Trägerschaft entstanden dem Verein keine zusätzlichen Kosten, sie wurde über ein gesondertes Budget finanziert.
Die Betriebskindertagesstätte ist den Kindern von Mitarbeitenden der Universitätsmedizin vorbehalten. Das Betreuungsangebot des Kinderhauses Villa Nees umfasst heute bis zu 60 Ganztagsplätze für Kinder im Alter von zwei bis zehn Jahren.
Die Jugendstilvilla mit Gartengrundstück in unmittelbarer Nähe zu den Einrichtungen der heutigen Universitätsmedizin wurde um 1920 von Rechtsanwalt Dr. Fritz Nees erbaut und bewohnt. Später ging das Gebäude in den Besitz des Landes über. Im September 1994 begannen die Umbaumaßnahmen zu einem Kinderhaus, das im Dezember desselben Jahres den Betrieb aufnehmen konnte. 2007 wurde der Altbau mit einem modernen, dreigeschossigen Neubau verbunden, das Außengelände vergrößert und umgestaltet.